Может давать тормоза перегрев видюшнго процессора и/или памяти. Странно что у тебя индикация фпс этого не показывает, такого не должно быть по определению... ИМХО, такой эффект (теоретически) может быть когда ядро программы производит обработку одного и того-же кадра несколько раз подряд с выдачей результатов обработки на видюху каждый раз как нового кадра, только как такое могёт быть?
Проведи "екскремент" - поставь Ил2 ЗС (без всяких апдейтов) в новую папку, запусти его и погляди что будет происходить. Если всё будет в порядке - причина Ил-2 (апдейты/кофиг), ежели нет - железо/драйверы/конфигурация системы.